Wydarzenia określane odtąd w charakterze zajście do wnętrza Black Mesa wywołane zostały zewnątrz rutynowym eksperymentem przeprowadzanym na wskroś grupę Materiałów Anomalnych wewnątrz sektorze C, i dokładniej do wnętrza jego komorze testowej C-33/a. Gdy kończyna zespołu badawczego, Gordon Freeman, wsunął w środku zasięg promienia emitowanego na wskroś pracujący do góry swojej mocy nominalnej spektrometr antymasy kryształowy obiekt, wyzwala się wodospad rezonansowa, powodując zniszczenia do wnętrza całym kompleksie dodatkowo odcinając związek ze światem zewnętrznym dodatkowo większość kanałów komunikacji w środku Black Mesa. W tym samym czasie zerwane zostały granice pośród wymiarami, tudzież wskroś powstałe wyłomy na obręb zakładu teleportowały się okazy prostej fauny dodatkowo inteligentnych istot z granicznego wymiaru Xen. Nie mając pojęcia o naturze sytuacji Obcy zaczynają najeżdżać pracownicy kompleksu, tworząc chaos, z powodu którego mieszkańcy starają się zakamuflować czy zniknąć do wnętrza nieuzasadniony modus ułożenie ciała granice Black Mesa. Niedługo po kaskadzie rezonansowej pojawili się żołnierze jednostki specjalnej Hazardous Enviromnent Combat Unit, których zadaniem było zatarcie śladów incydentu, zabijając stworzenia z pozaziemskiego wymiaru także uciszając pracownicy obywatelski kompleksu. Wprawdzie pierwotnie działania żołnierzy poprzedni udane, na odwrót z kolei zmuszeni oni byli do stopniowego wycofywania się poniżej naporem jeszcze silniejszych ataków stworzeń pochodzących z wymiaru Xen, służby ochrony plus Gordona Freemana. Wspomagany na wskroś ocalony pracownicy także zabezpieczony na wskroś kombinezon HEV, Freeman przebijał się wskroś kolejne sektory instalacji, zabijając kolejnych członków jednostki specjalnej także niszcząc sporą liczebność sprzętu wojskowego (czołgi, helikoptery, automatyczne wieżyczki strażnicze także kilkanaście min laserowych). W miarę zdobywania wskroś Xenian kolejnych części zakładu dodatkowo powiększania się liczby ofiar wśród żołnierzy, osobnik HECU rozpoczęła niezrozumiały odwrót, i wewnątrz jej obszar pojawiła się zgrupowanie tzw. Black Ops (czarnych oficerów operacyjnych), rozpoczynając eliminację opuszczonych żołnierzy HECU oraz cywilnego personelu Black Mesa. Ponieśli oni jednakże straty spowodowane pojawieniem się przedstawicieli Rasy X oraz musieli się ewakuować. W początkowych stadiach incydentu zgrupowanie pozostałych poniżej życiu naukowców pracujących do wnętrza będącym w dalszym ciągu do wnętrza dobrym stanie technicznym kompleksie Lambda starała się zakorkować połączenia pośród Ziemią zaś wymiarem Xen. Środkiem do osiągnięcia tego celu było wystrzelenie satelity geostacjonarnego. Doktorowi Freemanowi udało się przedrzeć do strzeżonego kompleksu Lambda plus po włączeniu reaktora atomowego zasilającego tę rozmiary instalacji teleportować się do wymiaru Xen.
Sama baza kompleksu Black Mesa została w środku wyniku kaskady rezonansowej oraz inwazji Obcych znacznie uszkodzona. Jeszcze większe zniszczenia dokonały się do wnętrza niej po okupacji wskroś wojsko. Mimo że dziewiczy jest szczytowy życie zakładu, to wolno przypuszczać, że Czarni Oficerowie Operacyjni umieścili do wnętrza jego głębiach nabój nuklearny, który unicestwił instalację. Sytuacja widoczna jest wewnątrz końcowych scenach rozszerzenia Opposing Force.
Większość personelu Black Mesa zginęła na terenie zakładu, na to samo kilkanaście osób (naukowców oraz oficerów ochrony) uciekło ułożenie ciała jego granice. Gordon Freeman po teleportacji z kompleksu Lambda do wymiaru Xen, nie wrócił do zakładu badawczego, na odwrót został "zatrudniony" wskroś G-Mana również przeniesiony do wnętrza wcięcie "zawieszenia". Doktor Wallace Breen, dysponent Black Mesa, uciekł z kompleksu nieznanymi kanałami. Doktor Isaac Kleiner, kończyna zespołu naukowego, podobnie wydostał się z zakładu, ponadto w charakterze górnolotny rangą kończyna grupy materiałów anomalnych także zespołu Lambda Eli Vance, który z Black Mesa uratował swoją córkę Alyx Vance. Oficer służb ochrony Barney Calhoun uciekł do wnętrza towarzystwie doktora Rosenberga, wysokiego rangą pracownika naukowego związanego z pierwszymi pracami ponad teleportacją również dwóch innych naukowców - Waltera Bennetta oraz Simmonssa - w środku samochodzie terenowym należącym do Black Mesa. Ich rejterada nastąpiła w środku nieco wczesnej fazie gry. Wszyscy wstępnie wydostali się ułożenie ciała okręg zakładu prymitywnym teleportem. Kapral Adrian Shephard, kończyna HECU, pokonał ogromnego Obcego - przedstawiciela rasy X - po czym pozwolił mu się żyć nadal wobec władzą G-Mana, ze względu na tajność informacji o akcji specjalnej, której był uczestnikiem. W dodatku Half-Life 2: Episode Two ujawniono, że z Black Mesa udało się zniknąć wciąż jednemu członkowi zespołu materiałów anomalnych. Nie wiadomo, innymi słowy spis uciekinierów z kompleksu jest dłuższa, ani lub solidniej zbudowane innymi słowy leżące poniżej ziemią części instalacji przetrwały wybuch atomowy.
Niejasne jest też to, czyli działania grupy Lambda, i w środku szczególności wystrzelenie na orbitę satelity geostacjonarnego, pomogły wewnątrz zamknięciu szczeliny pośród wymiarami. Po wystrzeleniu satelity przyjmuje się teorię, że siły przebywające po drugiej stronie portalu utrzymują go wewnątrz stanie otwartym.