Wymiary fizyczne kompleksu Black Mesa są z punktu widzenia gracza niebagatelne. Instalacja jest na tyle duża, że podzielono ją na siedem oznaczonych kolejnymi literami alfabetu sektorów także dziewięć poziomów w środku przekroju pionowym. Większość zakładu mieści się poniżej ziemią, gdzie zastęp kamiennych jaskiń dodatkowo silosów rakiet międzykontynentalnych połączonych jest systemem kolejek elektrycznych. Black Mesa wydaje się miejscem samowystarczalnym, mając na wyposażeniu własne systemy wentylacyjne, rurowe, kanalizacyjne dodatkowo generatory energii elektrycznej (w tym elektrownię wodną również zastęp generatorów oraz reaktorów). Na terenie kompleksu znajduje się zastęp laboratoriów także obszarów testowych, z których większość wyposażona jest do wnętrza wysokiej klasy oprzyrządowanie. Do Black Mesa wypada też zastęp wielopoziomowych parkingów (na których stacjonują samochody typu SUV, cekauz broni konwencjonalnej plus atomowej, miejscowy struktura elektrycznych wagoników do transportu materiałów, laboratoria wyposażone w środku przyrządy do prowadzenia badań wewnątrz dowolnej dziedzinie nowoczesnej nauki (na przypadek możny spektrometr antymasy), natomiast co więcej własne obszar startu rakiet. Kompleks otrzymuje dostawy produktów z miasta Nowy Meksyk zbytnio pomocą kolei. Można przypuszczać, że Black Mesa jest miejscem właściwie starym - rzesza bohaterów niezależnych odnosi się do "starych" również "opuszczonych" części instalacji. Część miejsc odwiedzanych wewnątrz grze wydaje się nadzwyczaj zniszczona, mimo, że są do wnętrza nich jeszcze prowadzone prace. Nowocześniejsze konstrukcje znajdują się na powierzchni ziemi.