Sektor D jest dozwolone zwiedzić we wczesnych fazach gry. W większości jest to kolosalny podziemny zespół administracyjny, gdzie rozgrywają się kwestie biurokracji zakładu dodatkowo prowadzone pewne badania.
Pomieszczenia administracyjne zlokalizowane są przy Zespołem składowym wysokiego ryzyka - kompleksem zlokalizowanym po trosze na powierzchni, poniekąd tuż wobec nią. Niższe partie Sektora D stanowią lokalizację na rzecz Laboratorium eksperymentalnego napędu - Silos D, gdzie wewnątrz jednym z opuszczonych silosów rakietowych, na których powstał wytwórnia Black Mesa testuje się silniki rakietowe.