Biokopuła jest względnie nową częścią kompleksu - w środku trakcie incydentu w środku Black Mesa jest nadal wewnątrz stadium konstrukcyjnym, co niechybnie w środku rozszerzeniu Opposing Force. Pod biokopułą znajduje się zastęp Obszarów obserwacji okazów, gdzie wewnątrz odtworzonych warunkach bytowania naturalnego przebywają pojmani Obcy z wymiaru Xen. Oprócz miejsc, gdzie przybysze są obserwowani ogólnie, jest dozwolone im się przyjrzeć z większym natężeniem od początku do końca do wnętrza Pomieszczeniach przechowywania okazów.
Położone najgłębiej pomieszczenia Sektora E to Laboratorium studiów powyżej hydrofauną, gdzie okazy stworzeń wodnych przetrzymywane są do wnętrza wycofanych z normalnego użytku obszarach, które zatopiono, tworząc do wnętrza ten podejście prowizoryczne zbiorniki wodne.
Sektor E jest także miejscem, gdzie władze kompleksu Black Mesa umieściły Laboratorium Zaawansowanych Badań Biologicznych, które wolno zwiedzać wewnątrz podstawowej wersji gry Half-Life. W pomieszczeniach laboratorium okazy pozaziemskiej fauny są poddawane testom; prowadzone są na nich podobnie sekcje zbytnio pomocą zautomatyzowanej aparatury, które wydają się skrajnie nieetyczne.
Drugi stopień laboratorium wykorzystywany jest w charakterze laboratorium opracowywania eksperymentalnych broni, testowania niebezpiecznych typów uzbrojenia (na przypadek działa Tau) dodatkowo miejsce, gdzie zainstalowany jest wysokoenergetyczny laser. Na powierzchni obszaru zajmowanego na wskroś Sektor E znajduje się szeroki repozytorium amunicji oraz materiałów wybuchowych - od chwili małych broni do skrzyń pełnych dynamitu, tudzież co więcej arsenału nuklearnego. Jednostka składowania 04 (również Składowisko poziomu 4) zostaje przy krańcowość dodatku Opposing Force przejęta na wskroś genetyczne robale.
Na powierzchni Sektora E znajduje się większość funkcjonujących na przestrzeni trwania gry instalacji wojskowych, do wnętrza tym co bynajmniej 3 hangary na rzecz helikopterów, powierzchniowa zbrojownia również powierzchniowe koszary. Niedaleko znajduje się Centrum wysokich wystrzeleń, silos E - silos przerobiony na wewnątrz pełni działające ognisko rozmieszczania na orbicie satelitów. Centrum to jest wykorzystywane na wskroś Grupę Lambda, wspieraną na wskroś Gordona Freemana, do umieszczenia na orbicie satelity, który do wnętrza dodatku Decay zamykał sprawę kaskady rezonansowej.
Na obszarze Sektora E znajduje się poza tym rzesza instalacji przetwarzania odpadów, wewnątrz tym Zakład przetwarzania odpadów biologicznych, który jest dozwolone wstąpić do wnętrza podstawowej grze Half-Life i Obszar przetwarzania odpadów, powierzchnia 3, zauważalny zarówno wewnątrz grze Half-Life, jako oraz wewnątrz dodatku Opposing Force.
Wszystkie te instalacje Sektora E są połączone ze sobą wzajemnie również z resztą kompleksu za sprawą systemowi transportu materiałów (częściowo rozmontowanemu), który jest siecią bazującą na znajdujących się w środku opłakanym stanie wagonikach elektrycznych. Serce systemu znajduje się w środku Zespole Kontroli Trakcji Sektora E, zaś jego zasięg jest nieco rozległy.